ある事件をきっかけに、ウルトラセブンを失った地球は侵略者たちの猛攻を前に苦戦を強いられることになった。 そこで、とある天才博士が当時の地球防衛組織であった「ウルトラ警備隊」を元に、「対外宇宙防衛機構（Association for Land Territories & Extraterrestrial Resilience）」通称「アルター（ALTER）」を結成、仲間たちを率いて侵略者の脅威に立ち向かった。 そんなある日、アルターの基地内に緊急警報が鳴り響く。 今、55年前の未来をめぐる物語が幕を開ける。